这个染料是Cyanine 3（Cy3）的一种衍生物，但通常Cy3.5并不是一个标准的命名，这里可能是指Cy3的一个变体或近似物，其中引入了磺化基团（Sulfo-）以增加水溶性，并连接了一个叠氮基团（N3）以提供反应活性。Cy3染料本身是一种近红外荧光染料，广泛用于生物标记和成像。其结构大致可以表示为：

R-SO3- └─N═N═N─┘
│ │
├─[共轭体系，包括吲哚和甲川链]─┘
│
荧光团核心

其中R代表磺化基团连接的部分，共轭体系是Cy3染料的核心，负责荧光发射。叠氮基团（N3）则连接在共轭体系的一个适当位置上。

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