免疫沉淀、ChIP、蛋白互作、亲和纯化等实验里，核心的环节就是用微球进行目标蛋白的钓取纯化 ，而较常用的就是各种包被的琼脂糖微球，而随着大家对回收率、纯度以及实验便捷性的要求提升，越来越多的人开始选用磁性微球。

磁性微球相比琼脂糖微球的优势：

回收率高

琼脂糖纯化中，琼脂糖珠在离心之后，弃去上清。在吸液过程中，为了尽可能移去上清，往往会吸走一部分琼脂糖，这样就可能损失一部分目的蛋白。同时，琼脂糖珠在离心过程中也可能破裂，这样就又损失了一部分目的蛋白。

磁珠纯化中，携带目的蛋白的磁珠通过磁性吸附在管壁上，此时吸取上清不会“捎带”走带有目的蛋白的磁珠，而磁珠也不需要应付颇具考验的离心步骤，这样双管齐下就保证了磁珠比琼脂糖珠有更高的回收率，对于蛋白互作、ChIP实验来说，更容易获得可靠的检出结果。而对于RIP这样对于检测灵敏度要求更高的实验来说，基于磁珠的纯化是**推荐的途径。

特异性好

琼脂糖纯化中，琼脂糖珠本身结构比较复杂，容易非特异性结合蛋白和DNA，对于蛋白互作研究或者ChIP实验产生非特异性的干扰。此外，在离心去除上清的过程中，也可能由于吸取上清不彻底，从而残留一些实际未与微球结合的蛋白/DNA，从而产生非特异性结果。

磁珠纯化中，由于磁珠表面光滑，非特异性结合率**，因此背景比琼脂糖低的多。另外由于磁珠纯化时，去除上清更加彻底，残留的未结合蛋白/DNA对结果的干扰也能被去除。

琼脂糖微球的非特异性结合

琼脂糖天然的非特异性结合属性往往会给实验带来意想不到的背景，需要**设置多个对照和反复实验来进行核实与验证。而对于ChlP实验来说，也不能直接使用普通琼脂糖珠,而是需要先用鲑鱼精DNA等试剂进行封闭

操作简便速度快

在IP实验中，琼脂糖珠、抗体、目标蛋白往往需要很长时间的孵育才能充分进行结合。而使用磁珠后，往往只需要更短的时间就可以完成充分的结合，这**的提升了实验速度。

同时，磁珠无需进行离心，可以使用磁力架进行“秒速”分离，可以迅速进行后续的去上清、清洗步骤。再也不用盯着琼脂糖珠的固液界面小心翼翼的进行上清分离了。

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