CY3.5-COOH是一种基于菁染料（Cyanine 3.5）的荧光标记化合物，其分子结构中结合了羧基（-COOH）功能团。菁染料是一类具有共轭双键系统的有机染料，其荧光特性主要源于其分子内的π-π*电子跃迁。CY3.5-COOH的吸收波长约为580 nm，发射波长约为605 nm，呈现出明亮的红色荧光，这使其在荧光成像和生物标记中具有广泛的应用前景。

羧基的引入为CY3.5-COOH提供了良好的水溶性和化学反应活性。羧基可以与含有氨基的生物分子（如蛋白质、肽段或抗体）通过EDC/NHS偶联反应形成稳定的酰胺键，从而实现生物分子的荧光标记。此外，CY3.5-COOH在中性或弱碱性条件下具有较高的荧光量子产率和光稳定性，适合用于长期的生物成像实验。

CY3.5-COOH的化学性质还体现在其对pH的敏感性。

在酸性环境中，其荧光强度可能会降低，而在中性或弱碱性条件下，荧光强度达到最大值。这种pH依赖性使其可以用于细胞内不同pH环境的荧光探针设计，例如用于溶酶体（酸性环境）或细胞质（中性环境）的标记。

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