菁染料CY3.5-PEG-COOH是一种结合了菁染料（Cyanine 3.5）、聚乙二醇（PEG）和羧基（-COOH）的多功能荧光化合物。其分子结构中，PEG链作为连接基团，将羧基与菁染料连接起来，形成了一种具有独特性能的荧光探针。

菁染料CY3.5-PEG-COOH的荧光特性主要由菁染料决定，吸收波长约为580 nm，发射波长约为605 nm，呈现出明亮的红色荧光。这种荧光信号具有较高的光稳定性和量子产率，适合用于荧光成像和检测。PEG链的存在显著提高了探针的水溶性和生物相容性，使其在生理条件下表现出良好的溶解性和低毒性。

羧基的引入为CY3.5-PEG-COOH提供了丰富的化学反应活性。羧基可以通过EDC/NHS偶联反应与生物分子中的氨基结合，形成稳定的酰胺键，从而实现对蛋白质、肽段或抗体的荧光标记。这种标记方式不仅操作简便，而且标记效率高，标记后的生物分子仍能保持其生物活性。

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