Cy3 phosphoramidite，182873-76-3，荧光标记单体的结构合成

Cy3 Phosphoramidite 是基于Cyanine3（Cy3）染料结构开发的一种专用于寡核苷酸（DNA、RNA）合成的荧光标记单体。该化合物结构包括三部分：荧光基团Cy3、一个柔性的链状连接臂（一般为六碳或PEG衍生链）和一个磷酰胺基团（phosphoramidite），用于参与自动化固相合成反应。Cy3部分为两个吲哚类芳香环通过三亚甲基桥相连，形成典型的对称花青类染料骨架，赋予其明亮的橙红色荧光（λ_ex ≈ 550 nm，λ_em ≈ 570 nm）。其结构稳定性和高量子产率使其在核酸标记领域具价值。

该分子的合成路线大致如下：首先从两分子的吲哚啉衍生物出发，在碱催化条件下通过Knoevenagel缩合反应形成Cy3染料母核；随后，通过碳链延伸引入伯醇基团，在该位点引入六碳或PEG型连接臂；接着，该连接臂末端的羟基与氯二异丙基氨基膦（Cl–P(NiPr₂)₂）反应，生成具有活性的亚磷酰胺结构。此结构对湿气为敏感，因此需在无水、无氧条件下完成，包括使用干燥的二氯甲烷或乙腈作为溶剂，反应中常添加少量三乙胺作为碱性助剂。终产物通过硅胶柱纯化，并用HPLC进一步分离出高纯品。质谱和NMR（¹H、³¹P）用于验证分子结构完整性。Cy3 phosphoramidite 可在DNA/RNA自动合成仪中直接用作5’-端荧光修饰单体，是高灵敏分子探针、实时PCR探针、FISH探针和核酸微阵列等技术中的核心标记试剂。

英文名称： Cy3 phosphoramidite

中文名称： Cy3 phosphoramidite

MF： C59H72ClN4O5P

MW： 983.67

CAS： 915700-76-4

纯度：95%+

性状：基于不同的分子量，呈白色 / 类白色固体，或液体。

溶剂：溶于二氯甲烷、DMSO、水等常规有机溶剂。

储藏条件：-20°C干燥避光保存

包装规格：50mg  100mg  250mg  500mg（按需提供）

齐岳生物供应近红外荧光花菁染料标记各种官能团的定制服务，如活性酯（NHS酯）、马来酰亚胺（MAL）、叠氮（N₃）、炔基（alkyne）等，便于与蛋白质、肽、多糖、抗体、寡核苷酸、纳米颗粒等共价偶联。

推荐产品：

二苯并环辛炔-聚乙二醇-硅烷

DBCO-PEG-Cholesterol

胆固醇-聚乙二醇-二苯并环辛炔

DBCO-PEG-Amine/8Arm/ACRL/NHS

二苯并环辛炔-聚乙二醇-氨基

DBCO-PEG-DSPE/Rhodamine/Maleimide/Thiol

仅供科研，不能用于人体实验AXC.2025.06.23