Cy3.5-羧基（Cyanine 3.5-carboxylic acid，简称Cy3.5-COOH）是一种中等波长范围的红色荧光染料，属于半花菁（Cyanine）系列荧光团。该类染料以其优异的光学性质、良好的光稳定性以及可与多种生物分子进行共价修饰的能力而在生物成像、荧光标记、免疫分析和分子诊断等领域得到广泛应用。Cy3.5-COOH分子结构中含有一个可反应的羧基（–COOH）官能团，为其后续的化学修饰提供了重要的反应位点，可通过活化形成NHS酯（Cy3.5-NHS），进而与胺基分子共价偶联，如肽、蛋白质、寡核苷酸或聚合物材料。

从光谱性质来看，Cy3.5-COOH的吸收波长通常位于约581 nm，发射波长约为596 nm，发射光呈橙红色至深红色之间。相较于传统的Cy3染料，Cy3.5具有更长的共轭体系，使其在光谱上略有红移，荧光量子产率较高且信噪比更优，因此在多重荧光实验中可以与Cy3、Cy5等其他荧光团进行区分，实现高通量、多通道检测。其高亮度和低自发荧光干扰特性，使其非常适合于荧光显微成像、流式细胞术和体内荧光追踪等实验。

在化学性质上，Cy3.5-羧基为极性有机分子，具有良好的溶解性，尤其在极性溶剂（如DMSO、DMF、甲醇等）中溶解度较高。其羧基末端可通过常见的羧酸活化化学（例如EDC/NHS体系）形成中间体，进而与氨基反应生成稳定的酰胺键，实现荧光标记的共价固定。这种活性使Cy3.5-COOH可作为荧光分子前体，用于制备一系列具有特定反应性的衍生物，如Cy3.5-NHS酯、Cy3.5-马来酰亚胺、Cy3.5-叠氮化物（Cy3.5-azide）或Cy3.5-炔基衍生物，以适配不同的生物偶联策略（如酰胺键偶联、点击化学等）。

在生物学应用方面，Cy3.5-COOH常用于标记蛋白质、抗体、核酸或纳米材料，实现荧光可视化或定量分析。例如，在免疫荧光染色中，Cy3.5标记的抗体能够发出稳定的红色荧光信号，用于定位特定抗原；在荧光原位杂交（FISH）中，Cy3.5修饰的探针可用于检测特定的DNA或RNA序列；在纳米药物研究中，Cy3.5-COOH也可与纳米颗粒表面氨基基团反应，用于构建荧光示踪纳米探针，实现药物递送体系的体内成像。

Cy3.5-COOH的另一优势在于其较强的光稳定性和低光漂白速率，这意味着在长时间成像或多次扫描的实验中，荧光信号衰减较慢，能够提供更高的时间分辨率。此外，与Cy5或Cy7等远红染料相比，Cy3.5发射波段位于中红区，不易与绿色通道或红外通道信号重叠，非常适合与FITC、Cy2、Cy5等染料进行多重标记组合。

在实验操作中，Cy3.5-COOH的使用需注意避免长时间暴露于强光下，以防荧光淬灭。储存时应在避光、低温（通常为–20°C）条件下保存，并配合干燥剂防止水解。若需进行偶联反应，应先将其溶于无水溶剂中，再通过活化体系或预制的NHS衍生物形式与目标分子反应。反应后可通过透析、凝胶过滤或HPLC纯化，获得高纯度的Cy3.5标记产物。

中文名称：花青素CY3.5-羧基 

英文名称：CY3.5-carboxylic acid    Cyanine 3.5-COOH

用途：科研

状态：固体/粉末/溶液

保存：冷藏

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