Cyanine5.5 Amidite，Cy5.5荧光修饰核苷亚磷酰胺的化学结构特点

Cyanine5.5 Amidite 的中文名称通常为Cyanine5.5 核苷亚磷酰胺化物，也可称为Cyanine5.5 荧光修饰核苷亚磷酰胺。Cyanine5.5 是一种近红外（NIR）荧光染料，激发波长约为 675 nm，发射波长约为 694 nm，具有高量子产率、良好光稳定性和低背景自荧光特性。Amidite 表示该分子含有活性 P(III) 磷酰胺基团，可用于固相 DNA 或 RNA 合成，将 Cyanine5.5 荧光染料功能化整合到寡核苷酸链的 5’-末端或内部位置。

二、化学结构特点

1. Cyanine5.5 荧光染料结构
   Cyanine5.5 是由两个杂环（如吡咯或吲哚）通过亚甲基桥连形成的共轭多亚烯链的染料分子，具有扩展 π 共轭体系。此结构赋予其近红外荧光特性，高量子产率和较强的光吸收能力。分子通常带有亲水磺酸盐或其他取代基，提高水溶性和生物相容性，使其适合在水溶液及生物体系中使用。

2. 磷酰胺活性中心
   Cyanine5.5 Amidite 的核心为 P(III) 磷酰胺基团，可与固相寡核苷酸链的 5’-羟基发生亲核加成，形成磷酸三酯中间体，经氧化生成稳定的磷酸二酯键。磷酰胺活性保证了荧光染料在 DNA/RNA 链中的高效整合，同时兼容标准固相合成条件。

3. 柔性连接臂设计
   Cyanine5.5 通常通过柔性连接臂（如聚乙二醇或烷基链）与核苷酸相连，使染料远离 DNA 主链，减少空间阻碍（steric hindrance），保持寡核苷酸的双螺旋结构和碱基配对稳定性，同时保证荧光信号的高效发射。

4. 保护基与稳定性
   在固相合成中，Cyanine5.5 Amidite 通常配备 5’-端 DMT 保护基（Dimethoxytrityl）及 CE（2-氰乙基）保护磷酰胺中心，避免在合成过程中水解或非特异性反应。整个分子在干燥、避光条件下稳定，可长期储存。

5. 光学特性
   Cyanine5.5 的长波长发射位于近红外区，可减少细胞和组织的自发荧光干扰，适合多通道成像和深层组织检测。其高量子产率和光稳定性使其成为荧光探针、FRET 系统和分子成像研究中的理想染料。

三、总结
Cyanine5.5 Amidite（Cyanine5.5 核苷亚磷酰胺化物）是一种功能化核苷酸单体，其结构特点包括近红外荧光染料、磷酰胺活性中心、柔性连接臂和保护基设计。该结构保证了荧光染料在固相 DNA/RNA 合成中的高效整合、稳定性和生物相容性。Cyanine5.5 Amidite 广泛应用于寡核苷酸探针、FRET 系统、近红外成像及分子生物学实验，为高灵敏度和低背景荧光检测提供可靠的工具。

产品名称：Cyanine5.5 Amidite 

纯度：95%+

性状：固体或液体

储藏条件：-20°C干燥避光保存

包装规格：50mg  100mg  250mg  500mg（按需提供）

厂家：齐岳生物

关于我们

齐岳生物供应近红外荧光花菁染料标记各种官能团的定制服务，如活性酯（NHS酯）、马来酰亚胺（MAL）、叠氮（N₃）、炔基（alkyne）等，便于与蛋白质、肽、多糖、抗体、寡核苷酸、纳米颗粒等共价偶联。可选择多种功能团与目标分子进行精准结合，实现对蛋白质、多肽、抗体、核酸或纳米材料的荧光修饰。此外，齐岳生物还提供定制染料标记服务，包括肽类、蛋白类、小分子、糖类等不同类型标的物，满足用户在科研、成像等多方面的个性化应用。

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