CAL Fluor Red 590 Amidite，CAL Fluor 红色 590 核苷亚磷酰胺化物的反应机制

CAL Fluor Red 590 Amidite 的中文名称通常为CAL Fluor 红色 590 核苷亚磷酰胺化物，也可称为CAL Fluor Red 590-dN Amidite，其中 dN 可对应寡核苷酸的任意核苷位置。CAL Fluor Red 590 是一种红色荧光染料，激发波长约为 590 nm，发射波长约为 610 nm，具有高量子产率和良好光稳定性；Amidite 表示该化合物含有活性 P(III) 磷酰胺基团，可用于固相 DNA 或 RNA 合成，将荧光染料功能化整合到寡核苷酸链的 5’-末端或内部位置。

二、反应机制

1. 磷酰胺偶联反应
   CAL Fluor Red 590 Amidite 含有活性 P(III) 磷酰胺中心。在固相寡核苷酸合成过程中，磷酰胺基与上一核苷酸链的 5’-羟基发生亲核加成，生成不稳定的磷酸三酯中间体。该过程通过溶液中的有机碱（如 DIPEA）促进，使 5’-羟基的氧原子攻击 P(III) 原子，完成键合。

2. 氧化生成稳定磷酸二酯键
   形成的磷酸三酯中间体随后在氧化剂（如 I₂/水/吡啶体系）作用下氧化生成稳定的磷酸二酯键，完成荧光染料单体与寡核苷酸链的共价整合。此步骤保证染料在 DNA 链中的牢固结合，并可耐受后续酸性去保护条件。

3. 保护基的选择性去除
   CAL Fluor Red 590 Amidite 通常配备 5’-端 DMT（Dimethoxytrityl）保护基，用于保护 5’-羟基，避免非特异性反应。在合成循环中，DMT 保护基可通过酸性条件选择性去除，暴露羟基供下一轮磷酰胺偶联。磷酰胺上的 2-氰乙基（CE）保护基则防止水解，提高中间体稳定性。

4. 柔性连接臂作用
   通常，CAL Fluor Red 590 通过柔性连接臂（如 C6 或 PEG 链）与核苷酸 5’-羟基相连，使染料远离 DNA 主链，减少空间阻碍（steric hindrance），保护 DNA 双螺旋结构的完整性，同时保持荧光性能。

5. 固相合成兼容性
   CAL Fluor Red 590 Amidite 与常规核苷酸单体兼容，可在寡核苷酸链的任意位置进行标记。其反应机制基于磷酰胺偶联、氧化生成磷酸二酯键以及保护基选择性去除，实现高效、可控的荧光整合。

三、总结
CAL Fluor Red 590 Amidite（CAL Fluor 红色 590 核苷亚磷酰胺化物）通过磷酰胺偶联与氧化反应将红色荧光染料整合到寡核苷酸链中。其反应机制包括 P(III) 磷酰胺与 5’-羟基偶联、磷酸三酯氧化为二酯键、DMT/CE 保护基选择性去除以及柔性连接臂空间隔离。该机制保证了荧光染料在固相合成中的高效整合、化学稳定性和荧光活性，为分子探针、实时 PCR 探针及核酸功能化实验提供可靠化学工具。

产品名称：CAL Fluor Red 590 Amidite 

纯度：95%+

性状：固体或液体

储藏条件：-20°C干燥避光保存

包装规格：50mg  100mg  250mg  500mg（按需提供）

厂家：齐岳生物

关于我们

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