半乳糖呋喃糖(Galf)残留存在于许多致病微生物的细胞壁糖缀合物中。尿苷5'-二磷酸(UDP) Galf是含Galf糖缀合物的生物合成前体,由UDP- galp通过黄酮类酶UDP-半乳糖吡喃糖突变酶(UGM)合成。
编码UGM (glf)的基因对包括结核分枝杆菌在内的病原体的生存能力至关重要,这一发现强调了理解UGM如何发挥作用的必要性。为了阐明UGM的催化机理已经付出了相当大的努力,但由于缺乏酶-底物复合物的结构数据,进展受到了阻碍。
这些数据不仅可以揭示底物结合的相互作用,还可以揭示UGM如何优先作用于两种非常不同的底物,UDP- galp和UDP- galf,同时避免细胞中存在其他结构相关的UDP糖。
在此,我们描述了ugm配体复合物的**个结构,这为底物选择性的催化机理和分子基础提供了洞见。利用x射线晶体学方法,分析了肺炎克雷伯菌与底物模拟物UDP-glucose (UDP-Glc)结合的UGM结构,并将其细化到2.5 Å分辨率。
配体是近辅因子,这一发现与提议的机制是一致的,其中还原黄素参与共价催化。尽管如此接近,底物类似物的葡萄糖环的位置使它不利于共价催化。
这一取向与数据表明UDP-Glc不是UGM的底物一致。利用饱和转移差NMR比较了UDP-Galp和UDP-Glc的相对结合方向。结果表明,尿苷部分在两种配体配合物中占有相似的位置,这种相关的结合模式由我们的结构数据定义。
相反,葡萄糖和半乳糖糖的取向是不同的。为了理解这些差异的后果,我们推导了一个用于生产的ugm -底物复合体的模型,该模型强调了有助于催化和底物区分的相互作用。
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