C6 Spacer Amidite (DMT-1,6-Hexandiol) 的中文名称通常为C6 间隔亚磷酰胺(DMT-1,6-己二醇),也可称为六碳间隔核苷亚磷酰胺化物。其中,DMT(Dimethoxytrityl,二甲氧基三苯甲基)为 5’-羟基保护基,用于固相寡核苷酸合成中保护反应活性位点;1,6-己二醇为六碳柔性链,作为间隔基团引入 DNA 或 RNA 链中,可提供空间延展性、减少分子间干扰和提高功能化效率。C6 Spacer Amidite 常用于功能化寡核苷酸的设计,如荧光标记、亲和标签偶联及药物修饰。
二、反应特点
磷酰胺偶联反应
C6 Spacer Amidite 含有活性 P(III) 磷酰胺基团,可与寡核苷酸链末端的 5’-羟基发生亲核加成,生成磷酸三酯中间体。随后通过氧化剂(如碘水溶液)氧化为稳定的磷酸二酯键,实现间隔基团的高效整合。该偶联反应温和、选择性高,是固相 DNA 合成中标准且可靠的步骤。柔性空间延展性
C6 间隔基为六碳柔性链,能够将修饰功能(如荧光染料、亲和标签或药物分子)与核酸主链隔开。空间延展性有助于降低荧光猝灭、减少 steric hindrance(空间阻碍)对核酸配对的影响,并提高偶联分子的生物可及性和反应效率。DMT 保护基特性
5’-端 DMT 保护基在合成过程中保护间隔羟基不被非特异性反应,同时可通过酸性条件选择性去除,为后续偶联提供暴露的活性位点。DMT 基团的颜色可用于在线监控固相合成的反应效率,提高操作可控性。化学稳定性与操作便利性
C6 Spacer Amidite 为干燥、避光条件下稳定的固体或溶液形式,可溶于乙腈等无水有机溶剂。在固相合成中可与标准核苷酸单体兼容,无需改变常规合成流程,操作简便、收率高。多功能化应用
通过在寡核苷酸链中引入 C6 间隔基,可实现荧光染料标记、亲和标签偶联(如生物素或 DIG)以及药物分子功能化。间隔基的存在不仅提高了修饰效率,还能在分子探针、药物递送和多通道检测实验中减少非特异性干扰。
三、总结
C6 Spacer Amidite (DMT-1,6-Hexandiol)(C6 间隔亚磷酰胺)是一种在固相核酸合成中用于引入柔性间隔基的功能性核苷酸单体。其反应特点包括高效磷酰胺偶联、六碳柔性链提供空间延展性、DMT 保护基可控去保护、化学稳定性好以及操作简便。通过引入 C6 间隔基,可实现核酸的荧光标记、亲和偶联及药物修饰,广泛应用于寡核苷酸功能化、探针设计和分子生物学实验。





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